Imperiul este privit, după dispariţia Ottonienilor, din ce în ce mai mult ca suma celor trei regate ce îl constituie: Germania, Italia şi Burgundia. Germania, care în vest incorporase Lotaringia (viitoarea Lorenă), ce nu se orientase încă hotărît spre Franţa, se extinde spre est pe seama slavilor. Până în secolului al XI-lea, organizarea internă este cea moştenită de la Carolingieni şi Ottonieni, cu funcţiile de comite şi de duce teoretic revocabile de către rege, şi cu rolul important al unui cler supus şi fidel autorităţii monarhice. Dinastia franconiană, instaurată în 1025, a încercat, mai ales prin Henric al IV-lea (1056-1106), să ducă o politică de centralizare monarhică şi de restaurare a controlului asupra Bisericii, pe cale să-şi afirme independenţa ca urmare a reformei gregoriene. Între regele german şi papa Grigore al VII-lea intervine disputa asupra dreptului de a investi în înaltele funcţii bisericeşti, aşa numita „luptă pentru investitură”. Miza era de fapt asigurarea controlului asupra clerului, şi deşi conflictul se termină cu un compromis (Concordatul de la Worms, 1122), rezultatul este dispariţia „bisericii imperiale” care sprijinise până atunci autoritatea monarhică în faţa aristocraţiei laice. Principii sunt beneficiarii deceniilor de conflict, în care se produce teritorializarea ducatelor etnice şi formarea a zeci de principate teritoriale, aparţinând aristocraţiei laice sau ecleziastice (familiile Staufen, Welf, Supplinburg, episcopii de Mainz, Köln, Hamburg, Bremen, Salzburg, etc.). Ca urmare a puterii acumulate, aceştia au un rol din ce în ce mai important în alegerea regelui, principiul ereditar nefiind recunoscut.
În 1125 urma la conducerea Germaniei dinastia Staufenilor (Hohenstaufen), care încerca la rândul ei să realizeze centralizarea statului în sensul în care evoluau deja regatele Franţei, Angliei sau Siciliei. Frederic I Barbarossa (1152-1190) a restaurat autoritatea monarhică, folosind în favoarea sa relaţiile feudo-vasalice, supunându-i pe principii teritoriali ce uzurpaseră bunuri regale în timpul „certei pentru investitură”, şi constituind un domeniu regal în sud-vestul Germaniei (Suabia, Alsacia, Palatinatul) pe care îl controla prin intermediul unor ministeriali de origine servilă. Însă teritoriile pe care le obţine în urma victoriei împotriva vasalului său Henric Leul, ce îşi stabilise o puternică bază în estul Germaniei (Bavaria, Saxonia, ţinuturi de la răsărit de Elba), nu le include în cadrul acestui domeniu, ci le oferă altor vasali. De altfel, el asociază la conducere marii feudali, care se constituie în grupul închis al „principilor imperiului” (Fürsten). În scopul întăririi puterii sale reuşeşte să controleze din nou numirile în înaltele funcţii eclesiastice, obţinând astfel un episcopat care să-l sprijine în reluarea luptei cu papalitatea. Dornic să promoveze ideea imperială potrivit căreia trebuia să beneficieze de stăpânirea asupra întregii lumi creştine (dominium mundi) nu acceptă afirmarea independenţei oraşelor italiene şi nici a regatului normand din Sicilia. Conflictul cu oraşele din Italia de nord, grupate în liga lombardă, conduce în cele din urmă la înfrângerea forţelor imperiale la Legnano (1174). Acest conflict a contribuit de asemenea la diminuarea autorităţii sale în Germania, întrucât a fost silit să facă concesii principilor în schimbul sprijinului militar al acestora. În calitate de împărat participă la cruciada a III-a, cu ocazia căreia îşi găseşte sfârşitul în 1190, înecat într-un fluviu din Anatolia.
După moartea sa, autoritatea regală de-abia restaurată în Germania este din nou pusă în discuţie, întrucât fiul său, Henric al VI-lea (1190-1197) a fost preocupat mai mult de problemele Siciliei, adusă moştenire de soţia sa Constanţa, fiica ultimului rege normand din insulă, Roger al II-lea. Între 1197 şi 1209 a urmat o perioadă de anarhie, „micul interregn”, marcată de luptele între diferitele facţiuni ale principilor, dintre care Welfii erau principali opozanţi ai Staufenilor. Fiul său, Frederic al II-lea (1215-1250), urcă pe tronul german şi imperial în calitatea sa iniţială de rege al Siciliei. Imperiul pe care doreşte el să-l construiască e unul mediteraneean, centrat pe Sicilia şi pe Italia, pe care încearcă s-o unifice. De aceea, ca să-şi asigure liniştea în Germania, face importante concesii principilor laici şi eclesiastici. Confederatio cum principibus ecclesiasticis (1220)
consfinţea renunţarea la drepturile regaliene şi la controlul alegerilor în funcţiile episcopale. Principii laici primeau la rândul lor, prin Statutum in favorem principum (1231), dreptul să exercite pe plan local puterea militară, adminstrativă şi judecătorească. Deplasarea centrului de greutate al imperiului spre sud este ilustrată şi de stabilirea capitalei la Palermo, unde străluceşte o curte cosmopolită, unde preocupările intelectuale datorează mult influenţelor arabe sau bizantine. Calitatea sa de împărat i-a impus plecarea în cruciadă, în 1228 reuşind să obţină prin negocieri, de la sultanul Egiptului, stăpânirea creştinilor asupra Ierusalimului. În ultimii ani ai domniei se confruntă cu reluarea conflictului cu oraşele italiene şi cu papalitatea.
După moartea sa, imperiul se prăbuşea din nou în anarhie, nici un candidat nereuşind să-şi impună autoritatea asupra întregii Germanii din 1254 până în 1273 („marele interregn”). Fărâmiţarea politică atingea punctul ei culminant şi ideea imperială îşi demonstra pentru totdeauna eşecul. Din timpul domniei lui Rudolf de Habsburg (1273-1291), ales de principi datorită lipsei de forţă reală, nu se mai practică încoronarea la Roma, iar Italia şi Burgundia nu mai contează pentru imperiul devenit un stat german. Rudolf este mai preocupat să mărească domeniul familiei sale, din care fac parte de acum înainte cu titlu eraditar Austria, Stiria, Carintia, Carniolia.
În 1308 puterea imperială trecea la familia de Luxemburg, al cărui principal reprezentant a fost Carol al IV-lea (1346-1378), care a consacrat prin Bula de Aur (1356) principiile alegerii împăratului. În desemnarea împăratului papa nu mai are nici un rol, alegerea acestuia fiind atribuită celor şapte principi electori, trei ecleziastici (arhiepiscopii de Mainz, Köln şi Trier) şi patru laici (regele Boemiei, markgraful de Brandenburg, comitele palatin şi ducele de Saxa-Wittenberg). Împăratul era doar suzeran şi judecător suprem, fiind lipsit de mijloacele exercitării unei puteri efective. Nu existau armată, finanţe, organe judecătoreşti subordonate împăratului, iar Dieta imperială (Reichstag), cu competenţe mai largi, scăpa autorităţii monarhului. O încercare de reformă a sistemului politic al imperiului a încercat Sigismund de Luxemburg (1410-1437), eşuând din pricina lipsei de mijloace şi a obiectivelor prea ample pe care şi le-a propus. O dietă (adunarea de stări din Germania) reunită la Frankfurt în 1427 încearcă să reformeze statul german, decretând recrutarea unei armate imperiale şi impozite regulate, dar rezultatele nu sunt cele aşteptate. După terminarea războiului în Cehia, Sigismund, al cărui prestigiu sporise între timp şi prin rolul avut la începutul Conciliului de la Basel
(1431), propune Dietei un plan de reorganizare care purta chiar numele său (Reformatio Sigismundi). Planul prevedea întărirea puterii centrale, definirea mai bună a administraţiei locale, reorganizarea finanţelor, justiţiei, armatei. Aplicate, cele 16 articole ale proiectului ar fi transformat Germania într-o monarhie centralizată, cu instituţii puternice şi eficiente, dar singurele hotărâri transpuse în practică sunt cele referitoare la reforma tribunalelor. În pofida eforturilor sale, autoritatea imperială rămâne slabă în Germania, care evoluează în direcţia federalizării.
Imperiul se contura astfel la sfârşitul secolului al XIV-lea ca o federaţie de principate teritoriale (peste 300), şi în pofida altor încercări de reformă avea să rămână astfel până la desfiinţarea sa de către Napoleon în 1806.
